Обявяването от Словения и Хърватия на независимост е последвано от въоръжен конфликт, който се разпростира в Босна и Херцеговина и води до сблъсък между етнически групи. Геноцидът и етническото прочистване са ужасяващите отличителни белези на тази война, чийто край настъпва през 1995 г. с Дейтънското мирно споразумение. Президентът на Сърбия Слободан Милошевич и военното ръководство на Сърбия по-късно използват отново методите на етническото прочистване, този път в Косово.