Slovenian ja Kroatian itsenäisyysjulistukset johtivat aseelliseen konfliktiin. Se levisi Bosnia ja Hertsegovinaan, missä etniset ryhmät ottivat yhteen. Daytonin rauhansopimukseen vuonna 1995 päättynyttä sotaa leimasivat julmat kansanmurhat ja etniset puhdistukset. Myöhemmin Serbian presidentti Milošević ja maan sotilasjohto suorittivat etnisiä puhdistuksia myös Kosovon konfliktissa.