Het Huis van de Europese geschiedenis werd oorspronkelijk in 2008 voorgesteld door de toenmalige Voorzitter van het Europees Parlement Hans-Gert Pöttering. De rechtvaardiging voor het project was duidelijk: de generatie mensen die de tragedies van de 20e eeuw meemaakte en vervolgens de Europese Unie opbouwde, was aan het verdwijnen. De verworvenheden van de Europese integratie werden steeds meer in twijfel getrokken, en de geschiedenis van de Europese integratie werd nog in geen enkel museum uitgelegd.

Het museum moest dus een plaats zijn waar de "Europese gedachte" kon groeien, en het begrip van de Europese geschiedenis in al haar complexiteit vergroten, de uitwisseling van ideeën aanmoedigen en veronderstellingen in vraag stellen. De tentoonstellingen zouden de gemeenschappelijke waarden van de Europese eenwording laten zien: menselijke waardigheid, vrijheid, democratie, de rechtsstaat. Met andere woorden, ze zouden laten zien wat Europeanen kunnen bereiken als ze samenwerken en sociale, economische en politieke omwentelingen overwinnen op weg naar vreedzame coëxistentie.

Om dit te realiseren werd in 2011 een multidisciplinair team van curatoren, pedagogen en museologen samengesteld, samen met twee adviesorganen, een academisch comité en een raad van trustees, met financiering door het Europees Parlement en de Europese Commissie. Het concept van het team was om de gebeurtenissen in Europa door een pan-Europese lens te laten zien, met een 'helikopterview' van het continent in plaats van een optelsom van nationale geschiedenissen. De inhoud werd alleen geselecteerd op basis van processen die oorspronkelijk Europees waren, zich over verschillende Europese landen verspreidden en vandaag de dag nog steeds relevant zijn. Veelzeggend is dat het team een onpartijdige, academisch onafhankelijke kijk op de Europese geschiedenis moest geven, gebruikmakend van een reeks bronnen, stemmen en verhalen, en ervoor moest zorgen dat het museum in 24 Europese talen ervaren kon worden - geen geringe prestatie! De gekozen locatie was een voormalige tandartspraktijk voor kinderen in Brussel, België, het gebouw dat voor het eerst werd gefinancierd door de uitvinder van de Kodak-camera en filantroop George Eastman.

De permanente tentoonstelling begon met het ontstaan en de vorming van het continent, gevolgd door de politieke en economische transformaties van de 19e eeuw, de verwoestingen van de wereldoorlogen en het wederopbouw- en integratieproces van de afgelopen halve eeuw. Het idee van 'geheugen' loopt als een rode draad door de tentoonstelling: welke historische ervaringen binden de verschillende naties in de Europese geschiedenis? Moeten mensen zich tragische gebeurtenissen herinneren om een herhaling te voorkomen, of moeten ze juist vergeten om verder te kunnen leven? Het idee was dat gedeelde historische gebeurtenissen vaak hebben geleid tot verschillende ervaringen en verschillende manieren om zich hetzelfde historische proces te herinneren.

De permanente tentoonstelling werd tot leven gebracht met meer dan 1500 objecten, documenten en audiovisueel materiaal uit meer dan 300 musea en collecties uit heel Europa en de wereld. Elk van deze voorwerpen is een stukje Europese geschiedenis, een splinter of een symbool van ons collectieve geheugen, van het compromis van vele Europeanen voor ons. Deze artefacten en hun achtergrondverhalen laten ons nadenken over wie we vandaag de dag zijn. Het museum werd geopend op de "Dag van Europa" - 9 mei 2017.